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AllPrep DNA/RNA FFPE Kit

从福尔马林固定、石蜡包埋的组织切片中同时纯化基因组DNA和总RNA(包括小RNAs)

  • 使用小样本量即可获得大量纯化产物
  • 在纯化同时,保持DNA和RNA的完整性
  • 高效分离RNA和DNA
  • 对同一FFPE样本进行全面的DNA和RNA分析

如要对基因组学和转录组学数据进行可靠比较,则需从同一样本中纯化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法,从福尔马林固定、石蜡包埋的组织样本中纯化DNA和RNA。纯化产物适用于real-time PCR和焦磷酸测序等应用。

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Cat No./ID: 80234
AllPrep DNA/RNA FFPE Kit (50)
50 RNeasy MinElute Spin Columns, 50 QIAamp MinElute Spin Columns, Collection Tubes, RNase-Free Reagents, and Buffers

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit适用于分子生物学应用。该产品不适用于疾病的诊断、预防或治疗。


Product Details

0
从FFPE样本中纯化DNA和RNA。
[A] 从多个大鼠FFPE组织样本中纯化基因组DNA并储存于室温。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(专用于从FFPE样本中纯化DNA的试剂盒,作为对照)进行纯化,两种试剂盒都含有RNase消化试剂。采用吸光度测定方法检测每个20 μm组织切片的DNA产量。[B] 从多个大鼠FFPE组织样本中纯化RNA并储存于室温。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或RNeasy FFPE Tissue Kit(专用于从FFPE样本中纯化DNA的试剂盒,作为对照)进行纯化。采用吸光度测定方法检测每个10 μm组织切片的RNA产量。从FFPE组织中纯化DNA或RNA时,AllPrep Kit的表现与专用的纯化试剂盒表现相当。
1
对预扩增的cDNA进行芯片分析。
使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit从人类乳腺FFPE组织中纯化总RNA。然后使用RT2 FFPE PreAMP技术进行逆转录。使用Human Cell Cycle RT2 Profiler PCR Array,通过real-time PCR进行基因表达分析,将肿瘤样本与非肿瘤样本进行对比。ΔΔCT分析显示:肿瘤样本中的基因表达与非肿瘤样本的基因表达存在x倍的差异。
2
对FFPE样本中的DNA和RNA进行可靠扩增。
使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或专用于从FFPE样本中纯化DNA或RNA的试剂盒(QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 或RNeasy FFPE Kit,作为对照)从大鼠FFPE组织中纯化获得[A] DNA 和[B]、[C] RNA。在ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System上,使用[A] QuantiTect SYBR® Green PCR Kit对78 bp的Prnp基因扩增子进行Real-time PCR分析,或是用[B]、[C] QuantiTect SYBR® Green RT-PCR Kit对Jun原癌基因表达进行real-time RT-PCR分析。AllPrep Kit和另外两个专用试剂盒的CT值相当,表明三种试剂盒纯化DNA或RNA的效率相当。[C] 此外,在没有逆转录酶(–RT)的条件下分析了Jun基因的表达。脾脏是富含DNA的组织,其扩增曲线平坦,说明纯化的RNA中不含基因组DNA。
3
AllPrep DNARNA FFPE样本纯化步骤。
Performance
使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit纯化的DNA和RNA的质量与使用QIAamp FFPE Tissue Kit和RNeasy FFPE Kit/miRNeasy FFPE Kit纯化的产物的质量相当(参见"Purification of DNA and RNA from FFPE samples")。因此,纯化产物可用于焦磷酸测序、real-time PCR和RT-PCR等下游应用(参见"Reliable amplification of DNA and RNA from FFPE samples"和"Array analysis following preamplification of cDNA targets")。
Principle

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit专为从FFPE样本中同时纯化基因组DNA和总RNA而设计。该试剂盒可使用同一样本纯化DNA和RNA,而非像其他纯化方法那样,需将样本分为两份再分别进行纯化操作。如将样本分为两份分别纯化DNA和RNA,其纯化出的DNA和RNA来自不同的细胞群落,可能具有不同性质特征。从同一样本中同时纯化DNA和RNA可减少浪费,因为FFPE样本是十分珍贵的样本,通常很难恢复且样本量少。

由于固定和包埋,FFPE样本中的核酸通常都严重片段化,核酸的分子量通常小于从新鲜或冷冻样本中分离出的核酸的分子量。从同一FFPE样本中分离DNA和RNA面临着很大困难:片段化的DNA长度短,且部分是单链结构;因此其更像RNA,而非完整的DNA。片段化DNA这一特性使得用物理方法分离DNA和RNA十分困难。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法,从同一个FFPE样本中分别释放DNA和RNA。

尽管标准的质量控制分析(如凝胶电泳或芯片分析方法)无法检测到甲醛的化学修饰,但其对酶分析有严重干扰。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化,可最大程度上逆转甲醛化学修饰,而不引起DNA和RNA的进一步降解。

Procedure
简单的流程可从同一个样本中纯化高品质DNA和RNA(参见"AllPrep DNA/RNA FFPE procedure")。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法,从同一个FFPE样本中分别释放DNA和RNA。使用这种方法时,FFPE样本要在优化的裂解缓冲液中孵育,使得RNA释放出来,而DNA形成沉淀。离心后,将含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分别处理,纯化RNA和DNA。再次进行孵育有一定的解交联作用,然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute离心柱纯化RNA和DNA。用柱上DNA酶处理纯化的RNA,以有效去除DNA污染。根据RNA与离心柱的结合情况,纯化的RNA中可能含有也可能不含miRNA等小RNAs。对于纯化后的DNA,可选择性进行柱上RNA酶消化,因为在离心前的DNA和RNA分离步骤中RNA污染水平已达到最低。
Applications

尽管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化,可最大程度上逆转福尔马林化学修饰,而不引起DNA和RNA的进一步降解;但从FFPE样本中纯化获得的核酸不应该用于需要大分子量DNA或完整长度RNA的下游应用。一些应用可能需要进行化学修饰后,再使用片段化核酸(如:设计PCR和RT-PCR的小扩增子)。在cDNA合成中,应使用基因特异性引物,而非oligo-dT引物。如果无法使用基因特异性引物,则可使用任意引物。

Specifications

Features
Specifications
应用 PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray
洗脱体积 RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl
规格 Spin column
主要样本类型 FFPE tissue samples
每次制备的数量 50
处理 Manual (centrifugation)
纯化总RNA、miRNA、poly A+ mRNA、DNA或蛋白 RNA (miRNA) and DNA
样本量 max. 4*10 µm sections or 2*20 µm sections
技术 Silica technology
每次运行或制备时间 6h for 10 samples, including sectioning
产量 Varies

Product Resources

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产品介绍与指南 (1)
Critical factors for molecular analysis of FFPE samples
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